Nas florestas tropicais do entorno da baía, existe uma variedade de mamíferos característicos da Mata Atlântica. Alguns dos mais comuns são os de menor porte, como marsupiais e roedores, cuja presença indica a boa qualidade do ecossistema.
Já no entorno da Baía de Paranaguá é possível avistar golfinhos e botos, espécies consideradas sentinelas do ambiente marinho, pois apontam a rica variedade da fauna local. No porto, os berços de atracação funcionam como uma barreira para os peixes, facilitando a busca por alimentos dos golfinhos.
Na região, já foram registradas mais de quinze espécies diferentes de golfinhos e botos, sendo o boto-cinza (Sotalia guianensis), a toninha (Pontoporia blainvillei) e o boto-caldeirão (Tursiops truncatus) as mais frequentes.
*Sotalia guianensis:*
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